Emil Votoček se narodil 5. října 1872 v Hostinném do rodiny velkoobchodníka s papírem Ignáce (Ignaze) Votočka a jeho ženy Marie. Otec si přál, aby Emil jednou převzal jeho společnost, proto ho poslal studovat do Prahy obchodní akademii. Již během studií se však u dospívajícího Emila projevil jeho neobyčejný zájem o chemii, který ještě více podnítil profesor Karel Lukáš. A tak po ukončení školy a doplňovací maturitě nastoupil k dalšímu studiu na České vysoké škole technické.
Chemii studoval v srdci evropské vědy
Po dokončení studií v Praze Votoček odešel na barvířskou školu do Mylhúz (francouzsky Mulhouse, německy Mülhausen, pozn. aut.) v Alsasku a po dvou letech nastoupil na univerzitu v Göttingenu, kde se soustřeďovala tehdejší elita chemie a fyziky. Tam se u profesora Tollensova zasvětil do chemie cukrů, které se pak věnoval takřka celý život. Několik cukrů objevil a stanovil také názvosloví pro metylpentózy, které bylo přijato mezinárodně.