Narodil se ve Stránce u Mělníka, absolvoval Českoslovanskou obchodní akademii v Praze, po studiích zamířil do ruské pobočky Škodových závodů a po svém návratu do plzeňské centrály se stal brzy ředitelem celého závodu. Díky svým zásluhám – mj. za expanzi Škoda Plzeň a její vyvedení z krize – byl posledním rakousko-uherským císařem Karlem I. povýšen do dědičného, nižšího šlechtického stavu a stal se svobodným pánem - baronem z Mlaďatova, přestože oficiálně o svůj titul přišel už o devět měsíců později, kdy prezident T. G. Masaryk šlechtické tituly zrušil.
Po roce 1918 se Šimonek – v té době už penzista – stal předsedou správní rady plzeňského podniku v nově vzniklém Československu, poté vstoupil do čela Hospodářské úvěrní banky pro Čechy a provedl její fúzi s Českou průmyslovou bankou. V roce 1923, při příležitosti oslav 40 let práce ve Škodovce založil pro své spolupracovníky tzv. „Šimonkův podpůrný fond“ – pozdější dělnický a úřednický fond. Zásadní fúze díky němu proběhla i v Plzni – roku 1925 stál u spojení Škoda Plzeň s boleslavskou automobilkou Laurin & Klement, předchůdce dnešní ŠKODA Auto. V cyklu Paměť národa na tuto událost vzpomíná pravnuk Jaromír: „Náš zahradník, pan Šmíd, říkal: Hrabal jsem co nejblíž, abych slyšel, byl tam takový stoleček pod kaštanem, venku se to podepisovalo a pan prezident [Josef Šimonek] vytáhl hodinky a řekl panu Klementovi: ,A má na to deset minut. Bude rád, když se tam stane ředitelem.‘“ Od téhož roku také Josef Šimonek zasedal v senátu, a to až do své smrti v dubnu 1934.
Jako zásadní postava své doby byl Šimonek za své zásluhy náležitě finančně odměňován. Jeho pravnuk Jaromír v projektu Paměť národa uvádí, že praděd si ročně vydělal milionové částky, které také ve velkém investoval, zejména do majetku. Během 20.-30. let 20. století koupil zámek v Lobči nedaleko Mělníka, zámek Stránov v Jizerním Vtelně nebo raně gotický hrad Houska, pozůstatek z dob Přemysla Otakara II.
Rodina Šimonkových však s příchodem nacismu o část majetku přišla. Hrad Houska na Kokořínsku se díky své poloze na hranicích Sudet stal cvičištěm SS, zámek v Lobči sloužil bratrovi H. Göringa jako sídlo pro Hitlerjugend. Rodina tak žila v Jizerním Vtelně na Stránově, odkud se ale museli vystěhovat v 50. letech během znárodnění, kdy přišli i o zbytek majetků. Ačkoli v té době byl už Josef Šimonek po smrti, svou rodinu uchránil před vystěhováním do obecního bytu v havarijním stavu – svému příbuznému, spisovateli Eduardu Štorchovi, totiž věnoval pozemek v Lobči, na kterém si nechal vystavět chatu – tu básník rodině v tíživé situaci poskytl a rodiče Jaromíra Šimonka zde také dožili.
Na vysoké postavení Josefa Šimonka rodina během nacistické a komunistické okupace doplácela i jinak – otec Jaromíra Šimonka nemohl kvůli uzavření vysokých škol Němci dostudovat a do Škodových závodů se vrátil jen jako řadový dělník. Ani pravnuk Jaromír nemohl kvůli režimu a pověsti potomka vykořisťovatele studovat tak, jak chtěl.
Po revoluci se ale rodině v restitučních řízeních vrátila valná většina majetku, který dodnes spravují – památky otevírají veřejnosti, obdělávají pozemky a dokonce využívají, byť symbolicky, i pozůstatek pradědova šlechtického titulu. „Jsme na to náležitě pyšní, protože on ten rod to neobdržel zničeho nic. Bylo to skutečně za dobrou práci pro naši zem. Takže my se k tomu hrdě hlásíme, a i když jsou zakázány šlechtické insignie, tak my v našem logu máme zjednodušený rodový znak,” říká pravnuk Jaromír v rozhovoru pro Paměť národa.
